VSCODE调试RDKit内核的方法步骤(C++)

编辑: admin 分类: c#语言 发布时间: 2022-03-15 来源:互联网
目录
  • 安装 RDKit 所需环境
  • 配置 VSCode 使其能 Debug
    • 配置 Intellisense
  • 配置 CMake
    • 新建调试文件进行调试
      • Anaconda 环境问题
        • 参考资料

          在研究 RDKit 的一些算法的时候，总希望能够“进入到代码中”看这些变量到底是什么，哪些代码块会被执行。可 RDKit 的编译比较复杂，如果是 Python 的部分，那么可以直接在 VSCode 中进行调试，记得在 launch 中设置 “justMyCode: false"，详见该问题。但如果想要调试 C++ 的部分，则就复杂很多，需要是用调试模式重新编译 RDKit 的源码。对于没有用过VSCode 编译 C++ 项目的小伙伴来说，这里有很多坑需要踩。

          这个过程可以分为三个部分：安装 RDKit 所需环境，安装 VSCode 相应插件， 写调试代码编译

          安装 RDKit 所需环境

          源码安装 RDKit 一直是一件麻烦事，在过去我们不得不自己安装所需依赖，包括 Numpy，Boost，CMake 好在现在有了 Anaconda，让安装依赖变得省心很多。不过 Anaconda 也是把双刃剑，笔者遇到由于不同环境被 CMake 混乱使用导致一些潜在的问题，这个在最后提到。

          我们可以参考 RDKit 官方文档进行环境安装 https://www.rdkit.org/docs/Install.html#how-to-build-from-source-with-conda

          笔者使用 MacOS 测试，而且已经安装上了 Anaconda，于是想要创建一个新环境

          conda create -n rdkit-dev
conda activate rdkit-dev
conda install numpy matplotlib
conda install cmake cairo pillow eigen pkg-config
conda install boost-cpp boost py-boost

          笔者的 Anazonda 装在 /Users/zealseeker/opt/anaconda 中，所以该环境对应的是：

          export PYROOT=/Users/zealseeker/opt/anaconda/env/rdkit-dev

          另外注意到新建的环境用的是 python3.9，下面会用到。
          然后下载源码到一个目录，笔者一般将所有用 git 下载的项目都放到 Documents/git 这个目录下。

          cd /Users/zealseeker/Documents/git
git clone https://github.com/rdkit/rdkit.git
cd rdkit

          到这一步已经可以了，但为了确保 RDKit 的安装一切会顺利，不妨先尝试编译一把。下面写 3.9 就是因为我们装的是 Python 3.9。与官方介绍不同的是，由于我们只需要调试里面的源代码，一些可有可无的功能就不需要激活了。按道理这这样配置编译会顺利通过（如果不并行，可能会编译一个小时…）

          mkdir build
cd build
cmake -DPYTHON_INCLUDE_DIR=$PYROOT/include/python3.9  \
  -DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT=OFF \
  -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT=OFF \
  -DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT=OFF \
  ..
make -j6 # 或着不并行，就用 make，但会慢很多

          配置 VSCode 使其能 Debug

          首先先要让 VSCode 支持 C++ 和 CMake，需要安装 C++ extension for VS Code 和 CMake Tools extension for VS Code 这两个插件。装完后需要进行一下配置，非常关键：

          配置 Intellisense

          虽然说这个不配置问题应该不大，但可能发现编辑器到处都是 problem 和波浪线，因为编辑器不知道应该去哪里找头文件，具体可参考这里。

          以下是笔者的配置方法：在 .vscode 下创建 c_cpp_properties.json 文件，在里面添加：

          {
    "configurations": [
        {
            "name": "Mac",
            "includePath": [
                "${workspaceFolder}/Code", "/Users/zealseeker/opt/anaconda3/envs/rdkit-dev/include",
                "/Users/zealseeker/opt/anaconda3/envs/rdkit-dev/include/python3.9",
                "/Users/zealseeker/opt/anaconda3/envs/rdkit-dev/lib/python3.9/site-packages/numpy/core/include"
            ],
            "defines": [],
            "macFrameworkPath": [
                "/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/System/Library/Frameworks"
            ],
            "compilerPath": "/usr/bin/clang",
            "cStandard": "c17",
            "cppStandard": "c++17",
            "intelliSenseMode": "macos-clang-x64"
        }
    ],
    "version": 4
}

          主要配置的就是 includePath，这里需要加入 RDKit 源代码目录 （Code），Anaconda 的 include，Anaconda 的 Python 以及 Anaconda 的 Numpy。按理配置完后就能看到所有的错误和波浪号都消失了（可以随便打开个 cpp 文件看下是否有错误），如果还有错误，则需要具体看是什么。（Windows 貌似会复杂点，具体参考官方文档。）

          配置 CMake

          打开 CMake Tools extension for VS Code 这个插件的配置，点击设置按钮 - 扩展设置，就会进入到 VSCode 的设置界面并已经用 @ext:ms-vscode.cmake-tools 进行筛选了。然后看到有 User 和 Workspace 两个选择，前者可以认为是全局设置，后者为项目设置，我们选择后者。需要修改如下几个选项：

          • Cmake: Cmake Path

          由于我们用的是 Anaconda 环境下的 CMake，尤其如果像笔者这样通过新增环境得到的，可能 CMake 没有被加入到 Path 环境变量。检查的方法是在 terminal 里输入 which cmake，如果出现 cmake not found，则说明未加入到环境变量，需要手动配置，笔者的 CMake 在：/Users/zealseeker/opt/anaconda3/envs/rdkit-dev/bin/cmake，所以将该路径加入到配置中即可。而如果用的是 base 环境，则可能不需要配置，因为 CMake 已被加入到环境变量。如果发现该 CMake 并非之前在 Anaconda 装的那个，则仍然需要配置，否则可能会出现寻找错误的库的问题，详见最后一节。

          • Cmake: Configure Args

          这个对应执行 CMake 时的参数，即那些 -DXXXX=xxx 的内容，笔者为了图方便，仅配置了 Python

          -DPYTHON_INCLUDE_DIR=/Users/zealseeker/opt/anaconda3/envs/rdkit-dev/include/python3.9

          也可以根据需要将诸如 -DRDK_BUILD_CAIRO_SUPPORT=OFF 也加进去，尤其是如果后续发现编译时在 CAIRO 的地方出错了，则可以考虑禁用它。

          小贴士，我们可以查看 .vscode 下是否有 settings.json 文件，并且该文件中是否有下面两个配置以判断是否配置成功。

          {
    "cmake.cmakePath": "/Users/zealseeker/opt/anaconda3/envs/rdkit-dev/bin/cmake",
    "cmake.configureArgs": [
        "-DPYTHON_INCLUDE_DIR=/Users/zealseeker/opt/anaconda3/envs/rdkit-dev/include/python3.9"
    ]
}
          • 编译（可选）

          全都配置完全，可以考虑先 Build 一下，看看有没有问题，按一下底部状态栏的 Build 按钮则会自动开始编译（需要不少时间）。如果未能编译完成，则需要检查其错误，看是哪里出了问题。

          新建调试文件进行调试

          笔者在根目录下创建了个 debug 文件夹，并在里面创建了 test.cpp 和 CMakeLists.txt 两个文件。test.cpp 自然是用于调试的文件，新建 main 函数，传入苯的 SMILES，将其转化成 RWMol 对象。非常简单的操作，仅仅是用于证明可以进入调试状态。

          #include <GraphMol/SmilesParse/SmilesParse.h>
#include <GraphMol/Depictor/RDDepictor.h>
using namespace RDKit;
    
int main( int argc , char **argv ){
    std::cout << "Importing benezene";
    std::string smi = "c1ccccc1";
    RWMol *newM;
    newM = SmilesToMol(smi, 0, true); 
    return 0
}

          CMakeLists 笔者是参考了 RDKit 的例子，个人感觉不是最好，毕竟原例子并不需要我们同时编译 RDKit 源码和测试代码，而是作为“已安装 RDKit 该如何调用其 C++ 接口”的例子，但笔者能力有限，只能很僵硬地照搬。路径基本写死，比如 library 在 $RDBASE/build/lib 里（因为只编译未安装，所以库都会在 build 文件夹下）

          cmake_minimum_required( VERSION 3.5 )

project(RDKitSV)

set(RDBASE "/Users/zealseeker/Documents/git/rdkit")
set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_MODULE_PATH} "${RDBASE}/Code/cmake/Modules")
set(CMAKE_CXX_STANDARD 14)
find_package( Boost COMPONENTS iostreams filesystem system)
include_directories ( ${RDBASE}/Code)
link_directories ( ${RDBASE}/build/lib )
set(RDKit_LIBS RDKitFileParsers RDKitSmilesParse RDKitDepictor
        RDKitRDGeometryLib RDKitRDGeneral RDKitSubstructMatch RDKitSubgraphs
        RDKitMolDraw2D RDKitGraphMol RDKitDistGeometry RDKitDistGeomHelpers
          RDKitMolAlign RDKitOptimizer RDKitForceField RDKitForceFieldHelpers
        RDKitAlignment RDKitForceField  RDKitMolTransforms RDKitEigenSolvers )
find_package (Threads)
set(RDKit_THREAD_LIBS Threads::Threads)

set( LIBS ${RDKIT_LIBRARIES} Boost::iostreams ${RDKit_THREAD_LIBS} z  )
include_directories(${RDKIT_INCLUDE_DIR})
add_executable( TestMol test.cpp )
target_link_libraries( TestMol ${LIBS} ${RDKit_LIBS})

          然后在根目录的 CMakeLists.txt 里的最后面增加一行，将 debug 文件夹加入到编译内容中。

          add_subdirectory(debug)

          此时万事俱备，再次点击状态栏的 Build 按钮即可进行最终的编译，如果之前已经在配置好
          VSCode-Cmake 后编译过一次，则这次会很快。编译完后，我们就可以调试了，调试前确定调试目标是否正确：在 Build 的右边分别有 debug（一个虫子）和 run（运行按钮），再右边是运行目标（launch target），要确定其为 TestMol，如果不是，则需要点击选择并输入 TestMol，它应该在 $rdkit/build/debug/TestMol。

          最后点击小虫子即可进行调试，并记得加断点，确定可以正常调试。

          Anaconda 环境问题

          由于笔者电脑里有多个 Anaconda 环境导致 CMake 在寻找库的时候可能会找错地方，因此一定要检查 CMake 是否找对了，尽管理论上找错了问题也不大，但至少当最后编译或者运行时报错时可以有据可循。

          笔者在 Anaconda 的 base 环境和 rdkit-dev 环境中都有 Boost，而除了 rdkit-dev 中有 CMake 外，自己也下载了个 CMake。笔者发现如果用自己下载的 CMake 编译，会导致其寻找的是 base 环境下的 Boost （因为 VSCode 编译时并不会激活 rdkit-dev 环境）。因此一定要使用 rdkit-dev 下的 CMake，即确保 Boost 所在 Anaconda 环境和 CMake 是同一个。

          另外，笔者在编辑器中还看到下述问题，尽管其不影响编译与调试，但说明 CMake 在寻找库时仍然选择了错误的地方。可惜笔者一直不知如何修复，若有大神还请留言协助。该问题说明 CMake 在寻找 libcairo 时寻找的是 base 环境，而其他库在 rdkit-dev 和 build 中，他们之间可能存在相互依赖关系。解决方法应该是让 libcairo 去 rdkit-dev 中找，而不是 base 环境，可并不知道如何设置这个寻找路径优先级。

          CMake Warning at Code/cmake/Modules/RDKitUtils.cmake:49 (add_library):Cannot generate a safe runtime search path for target MolDraw2D because
there is a cycle in the constraint graph:

  dir 0 is [/Users/zealseeker/Documents/git/rdkit/build/lib]
  dir 1 is [/Users/zealseeker/opt/anaconda3/envs/rdkit-dev/lib]
    dir 2 must precede it due to runtime library [libcairo.dylib]
  dir 2 is [/Users/zealseeker/opt/anaconda3/lib]
    dir 0 must precede it due to runtime library [libRDKitChemReactions.1.dylib]
    dir 1 must precede it due to runtime library [libboost_system.dylib]

Some of these libraries may not be found correctly.

          参考资料

          https://code.visualstudio.com/docs/cpp/cmake-linux

          到此这篇关于VSCODE调试RDKit内核的方法步骤(C++)的文章就介绍到这了,更多相关VSCODE调试RDKit内核内容请搜索海外IDC网以前的文章或继续浏览下面的相关文章希望大家以后多多支持海外IDC网！

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